O Colégio de Aplicação, vinculado à Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), foi eleito a segunda melhor escola pública do País no Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) de 2013. Os dados foram divulgados pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep) do Ministério da Educação (MEC). 

No ranking geral das escolas públicas e privadas, o Aplicação ficou na 48º colocação, com uma média de 679,6 nas provas objetivas do Enem. Calculada a partir das notas das quatro provas objetivas, a média não tem na soma as notas da redação (que é divulgada à parte). Nesta avaliação, a instituição ficou com média 791,46. 

O ranking do Ministério da Educação contabiliza os resultados das escolas que possuem, no mínimo, dez alunos matriculados no terceiro ano do Ensino Médio regular seriado e com 50% de participação dos alunos no Enem. O Colégio de Aplicação é a segunda melhor escola pública pelo segundo ano consecutivo; em 2012, teve média de 692,42 nas provas.